استقبلت المبادرة المصرية للحقوق الشخصية ومؤسسة حرية الفكر والتعبير التقرير "الثاني" لهيئة مفوضي الدولة بالمحكمة الإدارية العليا بشأن النزاع القضائي بين جامعة النيل، ومؤسسات الدولة ومدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا بكثير من الارتياح، حيث أوصى التقرير  للمحكمة الإدارية العليا بأن تقضي، أولاً: بأحقية جامعة النيل في استرداد كافة الأراضي المقامة عليها مباني الجامعة، وحقها كاملاً في استلام واستخدام تلك المباني جميعها في استكمال رسالتها التعليمية، ثانياً: إلزام رئيس الجمهورية بإصدار قرار تحويل جامعة النيل من جامعة خاصة إلى جامعة أهلية.
وإذ تأمل المبادرة المصرية ومؤسسة حرية الفكر في أن يصدر حكم المحكمة الإدارية العليا قريباً، وأن ينحى ذات النهج القانوني الذي تبناه هذا التقرير ليسدل الستار على هذا النزاع بما يجسده من انتهاك للحق في التعليم.

وقال أحمد حسام المحامي بالمبادرة المصرية: "أن مؤسسات الدولة تحاول جاهدة أن تظهر في صورة المشاهد أمام الرأي العام على خلاف الحقيقة في انحيازها لطرف ضد طرف آخر، وهو ما تفصح عنه أوراق هذا النزاع القضائي أمام المحكمة. وأبلغ دليل على ذلك هو تطابق مطالب دفاعي الدولة ومدينة زويل في طعونهما المقامة أمام المحكمة الإدارية العليا، والتي انتهي فيها كليهما إلى طلب إلغاء حكم القضاء الإداري الصادر لصالح جامعة النيل."

وتساءلت فاطمة سراج المحامية بمؤسسة حرية الفكر عن سبب التعسف البالغ ضد جامعة النيل المتمثل في عدم تنفيذ حكم محكمة القضاء الإداري الواجب النفاذ والصادر في 18 نوفمبر 2012 لصالح جامعة النيل وطلابها حتى الآن، رغم مرور 4 جلسات أمام المحكمة الإدارية العليا التي  لم تستجب لطلب وقف تنفيذ هذا الحكم المقدم من دفاع الدولة ودفاع مدينة زويل."

وإذ تذكر المبادرة المصرية ومؤسسة حرية الفكر الدولة بأن تنفيذ الأحكام القضائية أمر إستلزمه الدستور واستوجبه القانون وأن الجهة المنوط بها التنفيذ يجب أن تلتزم انصياعاً لهذا الأمر بتنفيذ الحكم القضائي المطلوب منها القيام بتنفيذه، ولها في ذلك أن تستعمل القوة متى طلب إليها ذلك، فإن هي تقاعست عن أداء هذا الدور – فضلاً عما ينطوي عليه من جرم جنائي – فهي تخرج عن مبدأ أساسي وأصل من الأصول القانونية يكمن في الطمأنينة العامة وضرورة استقرار الأوضاع والحقوق استقرارا ثابتاً، فضلاً عن أنه من المظاهر الأساسية للمدنيات الحديثة خضوع الدولة في تصرفاتها لحكم القانون، حتى أن الدول لتتباهى فيما بينها بمدى تعلقها بأهداب القانون ورضوخها لمبادئه وأحكامه. ولذلك فإن التزام الدولة بالتنفيذ الكامل غير المنقوص للأحكام القضائية يعتبر عنواناً للدولة المتمدينة التي تلتزم بحكم القانون.

وإذ تدعو المبادرة المصرية ومؤسسة حرية الفكر مؤسسات الدولة ممثلة في رئاسة الجمهورية ورئاسة مجلس الوزراء للكف عن هذا التباطؤ الذي يتدنى لمرتبة التواطؤ في النيل الصارخ من الحق في التعليم، وأن تقوم هاتين المؤسستين بأداء دورهما الدستوري والقانوني، وأن يتخذا كل الطرق والسبل القانونية في الاستجابة للمطالب المشروعة لجامعة النيل، التي هي ذات النتيجة التي أوصى بها تقرير هيئة المفوضين سالف الذكر، وذلك

دون انتظار لحكم المحكمة الإدارية العليا، حرصاً على استقرار مؤسسة تعليمية تضم مئات الطلاب والعاملين، وصوناً للحق في التعليم.
 هيئة مفوضي الدولة هي أحد أفرع الأقسام القضائية بمجلس الدولة، وتتولى تلك الهيئة تحضير الدعوى وتهيئتها للمرافعة، وذلك عن طريق كتابة تقرير يتضمن وقائع النزاع القضائي، وإلى الأسباب القانونية التي يستند إليها أطراف النزاع، ثم تتطرق إلى بحث تلك الوقائع والأسباب بإبداء رأي قانوني في موضوع النزاع، انتهاء بالنتيجة التي توصي المحكمة بأخذها في الحسبان عند إصدارها للحكم.