تطالب المبادرة المصرية بفتح تحقيق عاجل وشفاف في ادعاءات بعض المحامين بتورط رئيس مباحث المنيا في سير القضية، فبالرغم من استناد المحكمة إلى تحرياته بشكل كبير، لم يتسلم عمله كرئيسٍ للمباحث إلا بعد وقوع الأحداث بأكثر من أسبوع، وقام بإضافة 130 متهمًا إلى القضية يوم 28 مارس 2013، أي في يومه الأول في العمل، ما يشكك في مصداقية التحريات التي تحتاج إلى قدر أكبر من الوقت، وبخاصة لاتهام أكثر من 100 شخص.