منذ قرون طويلة والدولة المصرية تحافظ على سياسات تستند إلى نموذج الخلافة بشأن إدارة المساجد. وقد استعانت سياسات الحكومات المصرية في العصر الحديث بأدوات سلطوية مختلفة في مواجهة أية جهة تتحدى تعاليم المؤسسات الدينية الرسمية، ومن ثم فقد انتقصت من حقوق المسلمين غير الراغبين في اتباع تفسير الدولة الديني.